1. 分區明確：嚴格劃分為試劑準備區、樣本制備區、擴增區和產物分析區。每個區域功能獨立，避免不同操作環節之間的交叉污染。例如試劑準備區專門用于試劑的準備與儲存，需保持潔凈，避免引入核酸模板等污染物；樣本制備區用于樣本的處理，操作過程中可能產生氣溶膠，應與其他區域嚴格隔離。

2. 單向流程：設計合理的人流、物流通道，遵循從試劑準備區→樣本制備區→擴增區→產物分析區的單向工作流程。工作人員和實驗物品按此方向流動，不得逆向返回，防止不同區域的污染交叉傳播。例如樣本從樣本制備區處理后，直接流向擴增區，避免攜帶擴增產物的樣本回流至樣本制備區。

3. 緩沖間設置：在不同功能區之間設置緩沖間，起到過渡和緩沖作用。緩沖間兩側的門不能同時開啟，可有效減少不同區域間空氣的直接對流，降低污染擴散的可能性。如在樣本制備區與擴增區之間的緩沖間，可防止樣本制備過程中產生的氣溶膠進入擴增區，影響擴增反應。