潔凈室設計通常由有資質的設計院完成，但潔凈室承包商負責深化設計以達到潔凈頂板墻板的具體生產規格要求和實際安裝要求。

深化設計中首先對頂板上的潔凈燈具、送回風口進行調整，原則是布置在一塊整板中間，距板邊至少大于150 mm，與相鄰其它頂板對齊排成一直線。如遇設備穿吊頂板的情況，當然只能避讓，畢竟設備的位置是必須優先滿足的。風口及燈具如與消防的噴淋頭、煙感碰撞，應該將相對尺寸較小的噴淋頭、煙感、溫感移位，增加或減少，但必須滿足消防規范。這樣潔凈室吊頂的整體美觀性也就達標了。
其次對于潔凈墻板的排版主要在立面圖上體現，信息量較大且體現了較多專業在墻板上的布置，其中包含了潔凈窗、潔凈門、家具、消火栓箱、聲光手報、側回風口、設備控制面板、門禁面板、開關插座、潔凈室配電箱、等電位箱、網絡接口、設備穿墻、純化水用點、工藝監控HMI、EMS、壓差計等，需綜合各專業的信息來布置墻面以防相互碰撞，影響安裝，并需調節部分潔凈墻板的尺寸及墻龍骨的位置。
潔凈頂板分為可拆卸頂板及不可拆卸頂板兩種形式，目前市面上的潔凈頂板厚度主要為50 mm，60 mm，100 mm， 標準頂板從上到下主要由5 層材料構成, 分別為：彩鋼板+ 玻鎂板+ 巖棉+ 玻鎂板+ 彩鋼板, 以及頂板內部的相關的龍骨等內部加強部分. 頂板系統的耐火極限為1 小時。目前GMP 藥廠的潔凈室吊頂上技術夾層由于維修的需要通常采用可上人吊頂，承載150 kg/m2。
潔凈墻板也分為可拆卸墻板及不可拆卸墻板兩種形式。可拆卸墻板可分為中空墻，1 h 潔凈防火墻，2 h 潔凈防火墻，3 h潔凈防火墻， 厚度為100 mm 及200 mm。不可拆卸墻板厚度為50 mm 及60 mm。
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